2023 Avtor: Sophia Otis | [email protected]. Nazadnje spremenjeno: 2023-05-21 01:53
Pred desetimi leti je veliko pozornost pritegnilo odkritje, da je mogoče s statističnimi metodami dokazati prenos signala v beljakovinah. V članku v reviji Proceedings of the National Academy of Science Uppsala raziskovalci zdaj predstavljajo rezultate poskusov, ki so v nasprotju s teorijo.
Beljakovine uravnavajo skoraj vse kemične procese v telesnih celicah. Temeljna lastnost beljakovin je njihova sposobnost prenosa signalov – tako znotraj kot med beljakovinami. Znano je na primer, da je takšen prenos signala ključnega pomena za hemoglobin, ki prenaša kisik v telesu. V tem primeru je bil mehanizem večinoma razjasnjen.
"V drugih primerih je zelo malo znanega o mehanizmih ali o tem, ali do takega prenosa signala sploh pride," pravi Per Jemth, ki skupaj s svojo raziskovalno skupino na univerzi Uppsala preučuje, ali se prenos signala pojavlja tudi v majhnih beljakovinah.
Pred skoraj desetimi leti je veliko pozornost pritegnil članek, objavljen v Science, ki opisuje metodo dokazovanja prenosa signala v beljakovinah s primerjavo njihovega zaporedja aminokislin. Avtorji so zabeležili statistično metodo, s katero so pokazali, kako se določeni deli beljakovin skupaj spreminjajo skozi evolucijo, torej če je prišlo do spremembe v enem delu, se je sprememba hkrati zgodila v drugem delu proteina. Eden je tako našel mrežo delov, za katere se je zdelo, da sodijo skupaj, in znotraj tega omrežja se je štelo, da je potekal prenos signala.
Ampak raziskovalci iz Uppsale so videli nekaj stvari, ki niso bile pravilne glede rezultatov v članku, o katerem se veliko razpravlja, in s pomočjo eksperimentov lahko zdaj pokažejo, da se v tem omrežju ne pojavlja več signalov kot pri drugih delih proteina. Namesto tega so ugotovili, povsem logično, da bližnji deli beljakovin medsebojno delujejo bolj kot deli, ki so daleč narazen.
"Naši rezultati se torej sprašujejo, ali lahko statistične metode pokažejo prenos signala znotraj beljakovin, in poudarjajo pomen natančnih eksperimentov za utemeljitev računalniško podprtih metod v kemiji beljakovin," pravi Per Jemth.
Zmožnost napovedovanja delovanja beljakovin do najmanjših podrobnosti na podlagi njihovega zaporedja aminokislin je cilj, ki skrbi številne raziskovalce, odkar je človeška DNK postala znana. Ta študija poudarja, da so potrebni poskusi za izboljšanje in izboljšanje računalniških metod, ki se trenutno uporabljajo.
"Ko teorija, računalniška simulacija in eksperimenti nudijo enake odgovore, je bil dolgoročni cilj dosežen, vendar je še dolga pot."
Referenca v reviji: Ponovna ocena redke energetske mreže znotraj ene beljakovinske domene. Objavljeno na spletu 13. marca 2008, 10.1073/pnas.0711732105
